Vuonna 1604 koettiin Vääksyssä suuri luonnonmullistus, kun Vääksyn joen virtaamissuunta muuttui ja kartanon vieressä ollut Sarsanuoma kuivui. Tämä johtui jääkauden jälkeisestä maanpinnan kohoamisesta, joka puhkaisi Iharin kosken. Längelmävesi virtasi nyt Iharin eikä Vääksyn Sarsan kautta Roineeseen.

Nykyään muinaisjäännösalue on pääasiassa rakentamatonta peltoaluetta. Muinaisjäännösalueen koillisosasa sijaitsee Vääksyn kartanon nykyinen, 1800-luvun puolivälissä rakennettu päärakennus.

Kartanossa oli useita myllyjä sekä konepajateollisuutta 1800-luvulla. Tämän mahdollisti tilan halki Vesijärvestä Längelmäveteen virtaava Vääksyn joki. Joessa on edelleen pieni sähkölaitos, joka tuottaa sähköä tilan käyttöön. 1900-luvulle tultaessa tila rappioitui ja omistajat olivat eri puolilla Eurooppaa.

Vuoden 2009 inventoinnissa ei kohdetta tarkastettu. Sen eteläpuolella sijaitsevalla pellolla suoritettiin kuitenkin pintapoimintaa. Pintapoiminnassa saatiin yksi löytö, seltteripullon kappale (KM 2009099, ks. Kirsi Luodon raportin kohde numero 18). Kohteen läheisyydessä liikuttaessa ei inventoinnin aikana havaittu muutoksia vallitsevassa maankäytössä.

Längelmäveden ja Vesijärven yhdistäneen muinaisen salmen, Sarsanjoen ja vanhojen teiden yhtymäkohtaan syntyi keskiajalla Vääksyn kylä, joka mainitaan kirjallisissa lähteissä ensimmäisen kerran vuonna 1405. Siellä oli 1520-luvulla 7-8 taloa. Aatelisen Kirsti Pietarintyttären omistamasta talosta kehittyi Vääksyn kartano, joka oli 1500-luvulla Wäxjöstä kotoisin olevan Westgöta-suvun rälssitilana. Jo 1500-luvun alussa, siihen liitettiin kylän muut tilat. Vääksyn kartano tunnetaan Kaarina Hannuntyttären kartanona. Kaarina oli Juhana-herttuan rakastajatar ja emännöi Turun linnassa vuosina 1556 - 1561. Juhana ei voinut avioitua Kaarinan kanssa, vaan solmi poliittisen avioliiton Puolan prinsessa Katariina Jagellonican kanssa vuonna 1561. Kaarina naitettiin Vääksyn kartanon perustajan tyttärenpojalle Klas Westgöthelle ja hän asui Vääksyssä vuodesta 1565 vuoteen 1596, jolloin kuoli.

Kartanon rakennuksista 1500-luvulla ei ole tietoja, mutta on oletettu yhä kartanon pihassa sijaitseva kellari olisi tältä ajalta. Kellarin läheisyydessä on myös ilmeisesti sijainnut kartanon aikaisempi päärakennus. 1600-luvulla kartanorakennus sijaitsi puutarhassa olevan kellarin päällä, ja kartanon päärakennukset ovat todennäköisesti sijainneet samalla paikalla aina 1800-luvun puoliväliin asti.

Kartanon alueella toteutettiin vuonna 2008 Vääksynjoen itärannalla kaivaustutkimuksia. Tutkimusalueella on radiohiiliajoituksen, löytöaineiston ja kaivaushavaintojen perusteella sijainnut rakennus 1500-luvulla tai 1600-luvun alussa. Radiohiiliajoitus Hela-1824: 345±25BP saatiin liesikiveyksestä ja ulottuu kalibroituna 1400-luvun lopulta 1600-luvun alkuun.

Vuoden 1727 jälkeen kartano siirtyi Uggla-suvulle, ja omistajat asuivat Vääksyssä vuoteen 1819. Kartano päätyi tämän jälkeen koskenperkausluutnantti Fr. V. Favorinin haltuun, minkä jälkeen teollinen toiminta Vääksyssä alkoi. Joen rannalle vanhojen myllyjen läheisyyteen perustettiin rautatehdas, jossa taottiin erilaisia rautaesineitä maataloustyökaluista ovenripoihin. Favorinin rakennuttama päärakennus paloi vuonna 1942, mutta kartanon pihassa on siitä muistona pystyyn jäänyt pylväikkö.

Kartanon kaakkoispuolinen alue on tiheästi rakennettu, mutta vanhan kartanorakennuksen liepeillä on rakentamatonta pihamaata ja kartanon ja joen välillä peltoa, jossa vanhinta asutuskerrostumaa on voinut säilyä. Alueen pellot ovat hevoslaitumina. Kartanon mailta tunnetaan useita esihistoriallisia irtolöytöjä, ja alueelta on löydetty myös rautakaudelle ajoittuva solki sekä pronssinen rannerengas. Lähistöllä on kivi- ja rautakautisia asuinpaikkoja.

Vääksyn kylän ja kartanon alueella tehtiin 2022 tarkkuusinventointia muinaisjäännösrajauksen tarkentamiseksi. Kartanon alueelle tehtiin yhteensä 23 koekuoppaa, joista kolmesta tehtiin havaintoja historiallisen ajan asutuksesta. Muinaisjäännösrajausta ehdotettiin supistettavaksi

Kartanon alueelta on useita irtolöytöjä, joiden tarkka löytöpaikka ei ole tiedossa. Ne kuitenkin kertovat alueen pitkään jatkuneesta käytöstä.